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Las plantas obtienen la energía para crecer de la luz del sol, y absorben agua y nutrientes del suelo. Las setas, por otro lado, no necesitan luz, y se alimentan de materiales naturales en descomposición. El sustrato de las setas es lo que usa el micelio (la parte subterránea de un hongo) para recibir energía y fertilizantes. Y por eso es el factor más importante a la hora de cultivar de setas.

Hay numerosos sustratos para setas. Los más frecuentes son la paja y el aserrín, o una mezcla de fibra de coco y vermiculita. Los posos de café y el estiércol son buenos aditivos.

Los sustratos como la paja, la madera, el estiércol, etc. contienen numerosas sustancias orgánicas que las setas irán devorando a medida que crezcan. Pero, además de estas sustancias, los sustratos también pueden contener moho, bacterias y otros hongos perjudiciales. Y lo cierto es que estos contaminantes a menudo crecen más rápido que las setas deseadas, compitiendo con ellas por el espacio y los recursos. Obviamente, no queremos que ocurra esto, por lo que debemos eliminar estos contaminantes para que las setas crezcan de manera óptima.